在合肥市，经营二类医疗器械需要办理相关的经营许可证。以下是办理流程：

1. 准备资料

申请人需要填写《医疗器械经营许可证申请表》，并提交相关证件、资料，如公司营业执照、各种平面图，位置图、经营场所证明等。市场监督管理部门会对申请表和相关材料进行初审。

2. 提交资料

对于一些目录的，通过初审后还需要现场接受审核。审核包括经营场所、设备、管理人员等情况的检查。如经营场所合法、人员设备符合要求、质量负责人的是否有国家认可的学历和专业职称、是否具有相适应的售后及培训能力等等 。审核人员会进行现场记录并告知申请人须进行的后续工作。

3. 审核通过

审核通过后，申请人需要到省医疗器械监督管理部门进行医疗器械鉴定。鉴定专家会对经营的医疗器械进行检测、认证和评价。如鉴定合格，会出具鉴定报告。

4. 收取证件

在审核、鉴定全部通过后，申请人需要到药品监督管理部门领取《医疗器械经营许可证》。有效期为5年。需要注意的是，经营许可证有效期届满前六个月应办理许可证延续。

以上就是合肥二类医疗器械经营许可证的办理流程，希望申请人可以按照相关规定进行操作，顺利办理经营许可证。