合肥市危险化学品经营许可证的申请流程如下：

1. 准备材料

申请人应准备好相关的申请材料，包括《申请表》，公司的经营地址的复印件、《企业法人营业执照》复印件和原件、安全评价报告（原件）、储存设施相关证明文件（复印件经营剧毒化学品的，还应当提交其他相关文件、安全标准化达标证明文件（复印件）、涉及重大危险源的，应提交重大危险源登记备案表（复印件）申请人身份证明，涉及到的危险化学品品种和用途说明，场所环境安全保障措施说明等等。 

2. 申报

准备好申请材料后，进行网上或线下申报，填写相关信息并上传所需材料。 

3. 现场审核

提交申请后，相关的主管部门将在30个工作日内对申请材料进行审核完毕，审核通过后准备好相关文件，向申请人发出通知。 

申请人需要提前约定时间前往市场监管局现场接受审查，现场审核会检查申请人提交的资料的真实性、完整性以及现场安全措施是否符合国家标准。

4. 发证

如果审核通过，申请人需要缴纳相应的费用后，市场监管局给予许可证书，并签署安全承诺书。如果申请不通过，则需要整改后重新提交申请。

需要注意的是，合肥市的危险化学品经营许可证的申请和发放审批严格，申请的资料很多，不一一列举，建议申请人在办理前详细了解或咨询有关的专业代办人员咨询相关的政策和要求，以确保申请成功。