申请在合肥注册分公司需要准备以下材料：

1. 公司章程：包括公司的名称、注册资金、经营范围、组织形式等基本信息。

2. 营业执照：总公司的营业执照扫描件盖公章。

3. 法定代表人身份证明：法定代表人应提供身份证明原件、复印件和照片等。

4. 经办人身份证明：经办人应提供身份证明原件、复印件和照片等。

5. 公司注册地址证明：需提供租赁合同或产权证明等相应文件。

6. 其他申请材料：如工商营业执照、银行开户许可证、公章等证明和手续。

注意：不同企业类型，要求的材料有所区别，请根据不同情况准备。如果还有其他问题，请随时咨询我们。